利用高通量定序方法(NGS)探討B型肝炎病毒感染造成的肝癌病患以及用藥前後的慢性B型肝炎患者血清中和肝組織中B型肝炎病毒的多變異株序列表現差異。

闡明存在於慢性B型肝炎病毒感染和腫瘤微環境的免疫耐受機制，並研發治療方法，克服免疫耐受性，重新活化病毒和腫瘤的專一性免疫反應，達到清除B型肝炎病毒和肝癌及其他癌症的目的。

現為國家衛生研究院名譽研究員，持續研究細胞激素對於抑制病毒複製的作用機轉及它們在慢性肝炎發展過程中的協同關係，找尋治療慢性B 型肝炎的新方法。曾五度獲得科技部傑出貢獻研究獎。

研究B型肝炎病毒與宿主先天免疫反應間複雜的交互作用，並據以瞭解此病毒與宿主的交互作用如何影響或導致肝癌。整合兩種老鼠模式(肝臟再生與B型肝炎病毒大表面抗原轉殖小鼠)的基因微陣列及基因表現圖譜，並具以發掘在此二模式中相似或相異，且可能具有調控功能的新基因。

曾岱宗博士致力於B型肝炎病毒相關之臨床及基礎研究，表面抗原定量之相關應用，更是被列入美國肝病醫學會的臨床指引。而曾醫師近年來積極投入於利用次世代定序來探討B型肝炎病毒基因體和疾病進展以及宿主免疫的相關性，並發展B型肝炎相關之肝癌小鼠模式，進而探討利用免疫治療來治癒B型肝炎相關疾病之可能性。

蔡宗佑醫師發現Siglec-3免疫檢查點，為治療慢性B型肝炎找到新的著力點，有望為多年來陷入膠著的B型肝炎治療開啟新的方向。與中研院團隊發現B型肝炎病毒的表面抗原（HBsAg）存在著唾液酸聚醣（sialoglycans），會與人體免疫細胞上的免疫檢查點Siglec-3結合，從而抑制人體免疫系統對抗病毒。團隊在研究過程中，探究B型肝炎抑制體內免疫力的機制，使用慢性B肝患者的血液中的免疫細胞，證實Siglec-3抗體可以阻斷B肝病毒與Siglec-3結合，進而活化患者的免疫系統。這項成果已於110年6月1日發表於國際期刊。