張美惠院士為世界首位證實，小兒注射B肝疫苗可預防肝癌，發現肝癌專屬致癌基因Y染色體上RNA結合基因，各項研究填補國際文獻缺乏兒童期感染B型肝炎病毒長程自然史，尤其是病毒與宿主之間的相互關係，張美惠院士於兒童肝炎及肝癌方面的研究有深遠影響，並將此防癌疫苗概念推廣至其他癌症(如子宮頸癌、胃癌等)，希望其他與感染相關的癌症也能被預防。

從B肝跨界C肝，教研界的女科學家典範 吳妍華院士與四位陽明大學教授（丁令白、劉武哲、羅時成、朱廣邦），共同參與完成B型肝炎病毒表面抗原基因片段選殖，小規模開發基因重組B肝疫苗。 1990年初，吳妍華院士由B肝病毒研究投入C肝病毒研究，發現C肝病毒的核心蛋白可抑制B肝病毒複製，進一步發現C肝病毒核心蛋白可能的致癌機制。後續團隊深入研究發現C肝病毒核心蛋白與宿主細胞中的重要蛋白及調控因子之間的交互作用，且在RNA解旋酶DDX3與致癌基因YB-1相關研究方面，團隊有許多傑出的成果發表。

在1994年曾與王姿乃、廖運範、林燈寅、陳建仁共同發表B型肝炎表面抗原者肝硬化之多重危險因子研究，研究結果顯示支持多重危險因子例抽菸、喝酒、醃製食品與肝硬化發生有關。

臺大醫學院微生物所特聘教授，證實男生較容易得肝癌，發現並證實肝癌標靶治療藥物Sorafenib及其化學衍生物，經由肝臟特有的蛋白分子(SHP1)，專一的抑制肝臟雄激素訊息傳導路徑，而不影響雄性生殖系統。因此可減少男性肝癌發生，但保留正常雄性生育的功能。